El Monumento Natural El Morado es de las pocas áreas protegidas en Chile, cuya clasificación responde explícitamente a criterios geológicos. En forma general, es posible describir su territorio como un valle glacial colgado o suspenso, causado por la antigua acción del glaciar San Francisco. Entre sus características de interés podemos mencionar al glaciar San Francisco, un circo glaciar de ~9 m de diámetro, el gran horn y sus respectivos aretes del cerro El Morado, la laguna Morales (probablemente de origen glacial), el estero Morales y las aguas minerales llamadas comúnmente Panimávidas.